白灵菇在生产过程中出现畸形菇的现象较为普遍，常见的畸形菇有菌盖紧抱不展状的“拳头”菇，柄长肥粗盖小的“花瓶状”菇，盖凹陷边裂的“破碗状”菇，盖窄长状的“牛舌”菇，龟裂菇，等等。
畸形菇形成的主要原因是培养环境条件与白灵菇生理生化要求不相适应，出菇期温、湿、光、气协调不好，在管理上操作失误造成。
1．房棚结构不合理。目前，白灵菇的栽培有室内菇房和野外菇棚。普遍存在建造简陋，不合理等问题。如有的菇房门窗单向，有的通风在墙体上半部，致使室内空气不流通；有的塑料大棚两旁虽设有通风口，但通风口都是朝着菌墙两端；也有的虽然开有通风口，但为了保温，始终没打开。致使棚内空气不流通，造成严重缺氧，使白灵菇变成畸形。
2．菌墙垒叠欠妥。其表现是菌袋进棚垒墙太高，10袋一码，超过1米；有的菌墙之间填入黏性土壤，不透气；有的填土后浇水不足偏干；有的菌墙码垛过于密集，中间不填土；有的垒墙时，袋头割膜不对，入墙部分只割1/3太少，而露外一端反而割膜，菌丝体露空不保湿。这些子实体生长发育必然受到抑制。比如北方菌袋叠墙，袋间填土水分不足，进入寒冬加温催蕾时水分偏干，菌袋内的含水量小，使菌丝体脱水，出现菌盖不展或萎缩状态的畸形菇。而黏性土壤板结，透气性差，对菌丝体不能起调节作用，反而阻碍正常的生理生长。
3．先天性营养缺陷。主要有三种表现：①配方中原辅料棉子壳、麦麸陈旧甚至受潮霉变，养分降解；或配方中含氮物质麦麸用量偏少，菌丝生长前期无不良反应，到长菇期不能满足营养要求；②由于培养料含水量大而导致培养基酸败；③菌袋内水分蒸发菌丝体脱水。这些属于先天性营养不良，所以产出菇盖波边状或不展盖、色偏黄、不白的变异菇。
4．催蕾期把握不准。有的菇农求菇心切，菌丝未达生理成熟就进入人为催蕾，造成早产畸形。
5．催蕾技术没到位。菌丝生理成熟后还需要0-13℃低温刺激10-15天，这期间还要进行5-7天的10℃以上温差刺激，才能迫使原基发生分化成菇蕾。这是白灵菇与众不同的一个特性。大多数菇农没掌握这个独特种性，低温蹲菌期不足，差温刺激不够，与生殖期要求不协调，导致子实体正常发育受到影响而变形。有的在12月上旬进棚催蕾时，为了保温，忽略通风，造成棚内严重缺氧，结果催出菇柄长达20厘米，菇盖紧握不展的“拳头菇”。
6．疏蕾未引起重视。有人看到菇蕾丛生喜出望外，明知菇蕾太密，却舍不得摘掉。有人担心摘一个蕾会连累其他；也有人留蕾太多。由于忽视疏蕾，出菇互相拥挤，因此出现恋生蝴蝶形，或长牛舌状，或驼背菇等变异体态。
7．出菇期管理不善。菇蕾出现后逐步分化成子实体，在这长菇期间常因温、光、气调节不好，导致菇体发育畸形。
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