清塘消毒的目的是清除池中对养的鱼类有危害的敌害。用什么办法清塘，用什么办法消毒，应该区别对待，不能一概而论，要清得巧，要消得省，消得对正在养殖的鱼类有利。
如果是养鱼苗、鱼种，特别是弱小的鱼苗，在池中是最弱者，稍为大点的蚤类就可杀死鱼苗，因此对鱼苗养殖池要彻底清塘，把比鱼苗大一点的敌害一扫光才能养好鱼苗。因此，应该在放苗前用大剂量的生石灰杀灭池中一切敌害。
如果是养咸鱼，重点应消灭池中的病菌，保留池中的小型野杂鱼、虾、螺蚌及小型水生底栖动物，这可是凶猛肉食性名贵鱼类的好饵料，是青鱼的好饵料。清池方法是使用漂白粉，水深1米667平方米水面用漂白粉2500克，每立方米水用3-4克(有效氯为22%)，在这类鱼池里加放20尾(667平方米水面)乌鳢、或大口鲶、或鳜鱼，吃食野杂鱼。有螺蚌的鱼池适当放养大青鱼。
对养鱼工具也要消毒杀菌再用，不能将这件工具一用到底，以免病菌从第一口池又传到最后一口鱼池。如何消毒呢可用高锰酸钾溶液浸泡半小时，也可用太阳晒两天，翻来复去地晒。有的也可用生石灰水浸泡。
饵料、肥料也要消毒。凡能用生石灰水、漂白粉水浸泡的，可先浸泡，后清洗再投喂，不要带病菌和寄生虫入池。
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