因小麦胚芽本身体积细小，在分离时常常混杂有面粉、麸皮之类的杂质，必须在提油前预先清理掉，否则会影响胚芽油的得率。
预处理的方法包括烘焙、远红外加热、蒸汽灭酶或微热处理等。
制取胚芽油常用的方法有冷榨法和溶剂浸出法两种。冷榨法制得的胚芽油质量好，油质纯净自然，虽售价较高，仍备受消费者欢迎。
可是用这种方法制取在实际生产中困难不少，因为胚芽体积细小且过于油粘，压榨时往往不易达到所需的压力，粕造成残油率高，出油率低。采用溶剂浸出法则可避免上述问题的发生。
相比较，超临界co2萃取法是制取胚芽油的一种更先进方法，出油率在8%以上，产品油无任何溶剂残留。
通过上述方法制得的是麦胚毛油，经过精炼之后才成为食用小麦胚芽油。麦胚油的精炼较一般植物油困难，因为毛油中杂质多、酸价高，磷脂和腊含量也较高。尤其是为了充分保留毛油中的维生素e和二十八烷醇等活性成分，操作条件很难控制。
由于麦胚毛油中含有0.8%～2.0%磷脂，因此首先要进行水化脱胶处理。处理时，一般在毛油中添加4%～5%热水和0.8%的磷酸，边搅拌边加热至60摄氏度，并保存反应1h经离心分离出胶质。
接着将脱胶油加热至90摄氏度，慢慢添加7% 左右的酸性白土，在90～110摄氏度下脱色20～40min。待油冷却后，过滤去除废白土得脱色油。脱色油经冬化处理去除掉油中蜡质，再进行分子蒸馏脱酸。与一般的碱炼法脱酸相比，分子蒸馏法去除非酯化脂肪酸的效果更好。
脱酸后，油中非酯化脂肪酸含量低于2%，且维生素e损失少。之后再经第二次分子蒸馏浓缩，可得含维生素e1.25%左右的浓缩小麦胚芽油，冷却后在充氮容器中保存。
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