土壤轮作是预防茄子病虫害的有效措施，茄子可与葱，蒜，姜等非茄科作物实行轮作，有条件的可实行水旱轮作，实行大棚茄子冬，春季和单季晚稻轮作的栽培方法，每年的黄萎病等的发病率发生很轻。
1、选择2-3年未种植过茄科作物的地块，可以跟豆科植物、甘蓝等植物轮作切断病虫害传播途径，改良土壤菌群，避免重茬病害的发生。
2、除了马铃薯、茄子、辣椒、番茄等茄科农作物以外的其他农作物地块，茄子的病虫害都会相应减少。
3、种植茄子可以选择在大葱、小香葱、大蒜和生姜等葱蒜类收获以后种植茄子，病虫害最少，尤其可以显著降低黄萎病和茄子根腐病的发病率。
4、在小麦、春玉米、早稻和油菜地种植茄子，几乎没有土传病害的发生。而大棚茄子则可以和水稻进行轮作，能够减轻茄子黄萎病等病害。
5、黄瓜、葫芦和南瓜等瓜类蔬菜收获以后栽植茄子的病虫害也会减少，一般间隔3年以上。也可以在豌豆地、四季豆和豇豆等茬口栽植茄子，可以减轻茄子褐纹病等病害。可以和叶菜类蔬菜进行轮作，减轻病虫害。
6、在种植前茄子前，将前茬作物残体清除干净，种植户可以通过生石灰或者草木灰等进行土壤消毒，遇到多雨天气要及时排出田间积水。使用农家肥时要充分腐熟后再使用，高温腐熟能够杀死绝大部分的病菌以及虫卵。
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