木霉菌具有保护、治疗双重功效以及拮抗的作用，还可以有效防治土传性真菌病害，提高育苗与移植的成活率，保持秧苗健壮生长。木霉菌会通过攻击植物病原菌来防治病害，这也是木霉菌用途广泛、效果突出的重要原因。木霉菌还会通过产生小分子的抗生素和大分子的抗菌蛋白来抑制病原菌的生长。
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