鳄龟属于中大型龟类，最大甲长可超过45厘米。整只龟给人以粗壮肥大的感觉。其吻部较尖，两眼突出，头部大，脖子很长，若水平向前完全伸出，几乎与背甲等长。双喙边缘利如刀刃，上喙具尖利的小钩，口宽大，能吞入很大的食物。
下颏下方具2-6个肉质小突起，数目与长短因亚种而异。头顶部由骨质硬鳞形成小脊，粗糙不平，颇似石头。从枕部到颈部背面布有几排小结节，也因亚种而不同。背甲通常为近乎圆形，长宽相近，且较扁平，因亚种而异。颈盾宽，缘盾细长，后部的缘盾与臀盾呈锯齿状。
鳄龟背甲每块盾片都微隆起成小山状，并自中后部向四周辐射出许多隆起的小脊棱，使背甲看上去似背附着若干小山。但有些亚种则隆起得很小，或完全平坦。腹甲小，与甲桥一起形成一“十”字形。能明显分辨的盾片只有十枚。在缘盾与甲桥间具几块错开排列的下缘盾，而未形成腋盾与胯盾，这是鳄龟类保持的原始特征。
鳄龟四肢粗大肥硕，前肢内侧具儿排大鳞，后肢鳞生于腹面。爪粗而强大，弯钩状，锐利且长。四肢腹面密布小疣粒，尤其在臀部与尾根处，几乎演变为棘刺状。尾长，完整未断过的，可与背甲等长，尾背有五排脊鳞，中央一列最大，看上去似鳄鱼的尾。整个尾部被有肤褶状的鳞。鳄龟指趾间具较丰满的蹼。
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