微生物发酵床养猪不仅解决了养殖污染排放的问题，且能改善猪肉风味和肉品质，提高养殖效益。尽管发酵床养猪法在当前的应用中仍存在一些不足。下面我们了解一下发酵床养猪优缺点。
1、环保。发酵床养猪技术利用垫料中活性有益微生物对猪只排泄物进行原位分解发酵，无需冲洗猪舍，减少氨、氧化亚氮等臭味物质的产生和挥发，猪舍内无臭味，提高了猪舍的卫生水平。
2、省料。由于饲料的可消化性和猪的消化能力有限，饲料经过其肠道，并未完全被利用，以营养丰富的粪便排出体外，被功能微生物分解，当猪再次拱食时，就能充分提高饲料的利用率。
3、节能。猪粪尿与垫料的混合物在微生物的作用下迅速发酵分解，产生热量，中心温度可达40~50 ℃，表层温度能维持在25~30 ℃，能很好的解决猪舍的冬季保温难题，节约了能源。
4、节水。常规养猪，需大量的水来冲刷水泥地面，发酵床养猪仅需满足猪的饮用水，能节约80%的水分。
垫料资源匮乏。目前推广的成熟技术是使用锯末做主要垫料，但是随着我国木材的限制采伐和该技术推广面的扩大，锯末资源有限，如果大面积采用微生物发酵床技术的话，对垫料资源的需求将是一个极其庞大的数字，必将对木材相关行业或谷壳的市场供应形成巨大的影响。
存在疾病隐患。发酵床养猪的关键是要维持有氧发酵，这需要对床面进行良好的日常维护和管理，对菌种定期补充；如果管理不善，就有可能发霉，垫料中若存在霉菌毒素，猪就不可避免的会接触到，猪采食霉菌毒素后，会引起免疫抑制，抵抗力下降。
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