采用自然繁殖法繁殖锦鲤，选择合乎标准的亲鱼是非常关键的。亲鱼必须品系纯正、品种特征明显、色泽鲜亮晶莹、色斑边际清晰鲜明、无虚边、无疵斑、鳞片光润整齐、游姿稳健及各鳍完整无缺陷。
锦鲤达到性成熟年龄，雌鱼和雄鱼的体态就有较明显的差别。雌鱼的腹部膨大、体型丰满短粗、头部稍窄并且较长，在接近产卵时腹部膨大更明显，胸鳍端部呈圆型；雄鱼体型较瘦长，头部宽而短，额部稍突出，胸鳍端部略尖。在繁殖季节，雄鱼胸鳍第一根鳍条和鳃盖上出现若干白色的小突起（即追星），生殖季节过后追星则自行消失，另外雄鱼的生殖孔小而下凹，用手轻压生殖r有白色精液流出。而雌鱼的生殖孔宽而扁平，微有外突，用手轻压腹部有卵粒排出。将鉴别好的雌雄亲鱼挑选出来精心喂养，作为繁殖用的亲鱼。
在挑选亲鱼时还要注意锦鲤的年龄，一般适合繁殖用的雌鱼要在4-10龄，雄鱼要在3-5龄以上，这样的亲鱼生殖腺饱满，体质健壮，卵子和精于的活力都较强，受精率和孵化率较高。而未达到适龄的雌雄锦鲤，生殖腺或刚发育成熟或尚未发育成熟，因此，生殖机能不旺盛，卵子和精子缺少活力。雌鱼怀卵量也少，卵粒小，即使卵子能受精，将来孵化出来的仔鱼也体质弱，发育不良。
同时还要准备好产卵池，产卵池一般用水泥鱼池，面积稍大一些为好，可用4×5米的长方形鱼池，水深为30-40厘米（水泥池的大小可依据繁殖规模而定，如果是家庭小规模繁殖，水泥池面积4平方米就可以了，用大型鱼缸或大水族箱也可以），注入的水要水质清洁，水的pH值在7.2-7.4，呈微碱性，水的硬度也要低些，水中的氧气含量要充足。最后还要用棕树皮（用水煮一下)、孤尾藻做些鱼巢．用来附着鱼卵•在雌鱼产卵前放到水泥鱼池中即可。
繁殖锦鲤还要做好雌雄鱼的数量比例搭配，保证有高质量的卵子和数量充足的精子，提高卵子的受精率。雌鱼与雄鱼的搭配比例最好是l条雌鱼与3条雄鱼组成一组，如果雄鱼的数量不足也可以按2条雌鱼与3条雄鱼配组，这两种配组方式效果较好。如果雄鱼的数量有限，雌雄鱼的比例按l：1也可以。
在水泥池中精心饲养的亲鱼，在水温达到近20℃时，雄鱼开始追逐雌鱼（此时要将鱼巢及时放进产卵池内），雌鱼开始大量产卵，产卵时间一般在黎明时开始至接近中午时结束。雌鱼产卵时要注意将水温保持在20℃左右，如果水温大幅度下降，雌鱼将中止产卵。此时，雄鱼也开始排精，使鱼卵受精，受精卵附着在鱼巢上（锦鲤的卵也是粘性卵、卵粒较大）。然后将附着有受精卵的鱼巢，从水池中取出，在浓度为5-70/的食盐溶液中浸泡5分钟，进行消毒，再放入孵化池中进行孵化。
孵化池的水面面积以6-9平方米为宜，水深30厘米，对水质的要求与产卵池相同。水温要保持在20℃，大约经过4天，受精卵即可孵化出仔鱼。孵化期的长短与水温的高低有关．20-22℃，约需3-4天孵出仔鱼，25℃只需3天即可孵出仔鱼。但水温过低或过高都会使孵化率降低，甚至使受精卵死亡。
刚孵出3-4天的仔鱼，不吃也不动，当卵黄囊内的营养物质被吸收完以后，消化系统已初步发育完全，幼鱼就可以自由游动了，并开始摄取食物。可根据仔鱼的食欲投喂洄水（洄水是幼鱼的理想饵料），洄水不足可以加喂鸡蛋黄。当幼鱼长得稍大一些后，可以投喂小型的鱼虫或人工颗粒饲料。当幼鱼长到2-3厘米时，根据幼鱼体的优劣，进行一次挑选，留优去劣，把那些鱼体畸形的幼鱼淘汰，并调整放养的密度。
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