水稻病虫防治，必须坚持综合防治的办法，采取植物检疫、农业防治、生物防治、物理机械防治、人工防治和药剂防治相结合的措施，把病虫危害的损失压低到最低限度。
水稻白叶枯病，细菌性条斑病等是国家规定的检疫对象，这两种病害是由种子带病传播的。因此，到外地调引稻种时，必须严格履行检疫手续，防止把病菌带入无病区。已发病的地区，种子要严禁外调。并设法采取措施逐步消灭。
在水稻生产过程中，采取先进的农业技术措施，如选育抗病品种、合理布局、连片栽插，培育壮秧、；合理施肥、处理病草、适时晒田、打涝浪渣、适时耕作，科学排灌、 “三光”治虫等，都会创造有利于水稻生长，而不利于病虫发生的环境条件，而达到控制和消灭病虫害的目的。
有以虫治虫，以菌治虫、以菌治病和利用其他生物治虫等几种。以虫治虫有赤眼蜂，啮小蜂等防治稻纵卷叶螟、稻螟虫； 以菌治虫有杀螟杆菌、白僵菌等防治螟虫，稻纵卷叶螟、稻苞虫，叶蝉、飞虱，井冈霉素防治纹枯病。其次有青蛙、蜘蛛、鸭子等多种有益动物捕捉稻田害虫。
它是利用物理因素和器械的物理作用消灭害虫。如晒种，点灯诱杀、捕虫器等。
采用化学药剂或土农药防治病虫害的方法，而且是当前水稻病虫防治的重要方法。如克瘟散，稻瘟净可防治病害(稻瘟病、纹枯病，又可兼治叶蝉、飞虱)。用化学农药防治病虫害，品种要选择适当，次数和用量严加控制。
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