扇贝属于卵生型贝类，繁殖时通过贝壳的反复开台将成熟的精子和卵子排到海水中，卵子在海水中受精、孵化。孵化出的扇贝幼体经担轮幼体、面盘幼体、壳顶幼体的发育变态后，形成为稚贝。多数扇贝种类为雌雄异体，如栉孔扇贝、虾夷扇贝性腺成熟时，雌性性腺为桔红色，雄性性腺为乳白色或红黄色。但海湾扇贝却为雌雄同体，性腺仅局限于腹部，精巢与卵巢则清晰可见。
在我国北方，虾夷扇贝每年只有一次繁殖期，为3-4月份前后，水温为5℃-9℃。而其他扇贝每年都有春秋两次繁殖期。如栉孔扇贝春天是5-6月份，水温为14℃-16℃；秋天是9月份，水温为22℃-21℃。海湾扇贝春天是6-7月份，水温为20℃-23℃；秋天是9-10月份，水温为20℃-18℃。华贵栉孔扇贝春天是5-6月份，水温20℃-21℃；秋天是lO-II月份，水温为26℃-22℃。
扇贝卵子受精后，个体发生过程基本相同。仅以海湾扇贝个体发育过程为例。扇贝精卵在海水中受精，在水温20'C-23℃，受精后IO-ZO分钟出现第一极体。17小时发育到担轮幼体，20小时发育到D型幼体，即初期面盘幼体，这时卵黄耗尽并开始摄食。在发育适温内，温度越高发育越快。
受精后3天，壳长一般在125微米-130微米，进入壳顶期幼体初期。受精后9天，多数个体壳长185微米，壳高170微米，这时幼体形态又有变化，胃膨胀，胃弯曲加长，足明显易见。壳面生长纹增多，双壳膨起，壳顶形成并已遮住铰合线。幼体呈卵圆形，鳃原基出现，鳃基部出现棕黑色眼点。从生态上看，幼体时而浮游、时而匍匐，寻找适宜的附着基，此期称为壳顶后期。
幼体附着后，面盘很快退化，逐渐长出次生壳，壳表具很细的放射线，如受外界刺激，仍能切断足丝用足匍匐迁移。
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