甘肃省农牧厅设16个内设机构： 办公室 人事劳动处 政策法规处 农村经营管理处 市场信息处 发展计划处 财务资产管理处 外经外事处 科技教育处（省动植物新品种保护办公室） 农牧业产业化经营管理处（省农业品加工管理办公室） 种植业管理处 畜牧处 草原处 渔业处 农产品质量安全监管处 老干部管理处 组织开展农业农村经济重大问题调研，提出农牧业发展的政策建议；承办农业农村经济法规草案及部门规章的起草和执法监督工作；指导农业行政执法体系建设；承担农业行政复议，组织行政应诉工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担行政审批综合办公有关工作。
提出稳定和完善全省农村基本经营制度的政策建议；提出农民专业合作组织发展的政策措施，指导农民专业合作经济组织的建设；指导农村集体经济组织建设、财务会计、资产管理和审计；参与农村综合改革和社会事业发展工作。 (省动植物新品种保护办公室)
拟订农业科研、农技推广的规划、计划和有关政策，承担农业科研、技术引进、成果转化和推广工作；承办全省农业科技创新体系和产业技术体系建设相关工作；承担农业植物新品种保护和农业转基因生物安全监督管理工作；承担指导农村能源建设和农村可再生能源开发利用的工作；承担指导生态农业、循环农业和农村节能减排工作；指导农业资源和环境保护工作；组织农民从业技能培训和农村劳动力转移就业培训工作；指导农业教育和行业协会工作。 （省农产品加工管理办公室）。
拟订农牧业产业政策，提出农牧业产业结构调整、保护和发展的政策建议；拟订农牧业产业化经营规划并组织实施；负责农畜产品商品生产基地建设；拟订促进农畜产品加工业发展的政策、规划、计划并组织实施；指导农畜产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设。参与协调农畜产品加工龙头企业发展；联系并协调指导厅属企业发展。 负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
审计机构按有关规定设置。
