海狸鼠配种主要采取放对自由交配。根据每次放对的数量，其方式有一对一配种、一公多母合群配种和多公多母群养配种三种方式。
1．一公一母放对配种
即将发情的母鼠捉移到选配好的种公鼠圈内．1对l任其自由交配。交配完后，应将母鼠捉回原舍，待次日再放对，如此反复放2-3次。待公鼠休息1-2小时后，再放第2只母鼠进去自由交配，完后仍送回原舍。再休息1-2小时，放第3只、第4只。公鼠一天交配4次左右，身体强壮、性欲旺盛的也不超过5次，体质较差的可安排3次。一般公、母配种比例为1:4。在放对过程中，如发现有的母鼠未发情或发情期已过，应放回原舍饲养20多天后待下一发情期再放对交配。此方式的优点是谱系清楚，可达到选配目的，但比较麻烦费事，也易漏配，适宜育种场采用。
2一公多母合养配种
根据选配方案将4-5只母鼠同1只公鼠合养在同一圈舍内，任其自由交配。每月定期检查受孕情况，发现已受孕母鼠，立即从大群中移出单独饲养。未受孕者继续留在大群中，与公鼠不断交配直到受孕为止。产仔后的母鼠，应及时将其放回大群中，让与公鼠进行血配，配完后再移回仔窝舍哺乳。生产实践表明，此方式繁殖效果较好，不仅可降低母鼠的空怀率，还可充分利用圈舍，同时，谱系也不乱，仍可建立清晰的谱系档案。须注意的是，选配的公鼠一定要体质健壮、性欲旺盛、精液优良的种鼠。否则，对繁殖生产将造成损失。
3．多公多母群养配种
将34只种公鼠与15-20只母鼠合养在同一圈舍内，让其自由选择交配。每隔15天检查1次母鼠受孕情况，凡确已受孕的则移出单养，待产仔后及时送回去进行血配。此法其优点是：可节省设施设备，提高受配率，减少空怀率。但缺点也比较突出，主要是仔代谱系不清，无法弄清其血缘关系。同时由于公鼠频频交配，影响精液质量和健康，如有疾病，还会彼此传染。此法只适宜商品鼠养殖场，专门种鼠场不宜采用。
4人工辅助配种
有个别母鼠发情期不接受交配，应采取人工辅助配种，以免错过发情期。具体作法是，将母鼠移入公鼠运动场中，用左手托其腹部，并稍向上托起，再用右手将尾拉向一侧，将外阴露出送至公鼠鼻前，让其嗅闻，刺激公鼠性欲，促成交配。
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