种鼠选择的好坏，直接影响当代繁育能力的高低和后代品质的优劣，必须给于高度重视。
1选种时间
种鼠的选择应在仔鼠分窝时进行．以便将种鼠与皮用鼠分开饲养，使之进一步提高种鼠的品质。
2弄清谱系
为了防止近亲繁殖，必须把种鼠的血缘关系弄准确，并记录在案，以便配对时不致于混淆血缘，使繁殖产生不良后果。
3选择要求
应选择毛绒致密，毛被呈深棕色且有光泽，性情温顺，外貌端正，神态活泼，发育良好，健康无病，食欲甚佳，胖瘦适中的公鼠为种。母鼠除上述条件外，还应选产仔多、母性强、泌乳多的为种母鼠。仔母鼠后几个条件主要依据父母亲代情况分析得出。
4选择对象
用捕捉的野生麝鼠作为种用，主要存在两方面的问题：一是野性较强，需经一段时间驯化才可能配种较好；二是品质优劣不清，产仔量、存活率一般低于圈养鼠。所以，引种时一般都选用人工饲养繁殖的后代。
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