为了提高微量元素肥料的肥效，施用时应注意以下几个问题：
(1)作物对微量元素养分的反应。各种作物对不同种类的微量元素养分有不同的反应，通常应选择相应的微肥施在敏感程度高的作物上。例如，一般油菜对硼很敏感，施硼肥效果很好。
(2)土壤供应微量元素养分的能力。土壤是否缺乏某种微量元素与母质和成土过程有关，而且微量元素的有效性受许多条件的影响，尤其是pH值影响最为明显。例如，土壤碱性会降低铁、硼、锰、铜、锌的有效性，而钼的有效性却有所提高。在酸性土壤上，土壤的酸性会增加铁、锰、铜、锌的有效性，而钼的有效性却比较低。所以，施用微肥时应有针对性。
(3)与大量元素肥料配合施用。在生产中作物对大量营养元素需要量大，而且土壤中经常缺少，需要补充，而微量营养元素只有在满足作物对大量营养元素需求的基础上，才会有良好的肥效。因此，微肥应与氮磷钾肥料配合施用。
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