磁化肥中的磁性载体添加剂（粉煤灰、钢渣等），含有较多的铁、硅、钙和硼等营养物质。这些营养物质需在土壤中转化后才能被吸收利用，所以磁化肥一般作为基肥施用。磁化肥施入土壤后，能直接促进微生物的生长和繁殖，加速土壤有机质的分解，宜与有机质肥料配合施用。由于磁化肥具有降低土壤酸度、提高土壤透水性的功能，所以在酸性土壤和黏质土壤上施用效果更好。磁化肥的用量，可根据其有效成分含量确定，一般与同等成分的复合肥相当。施用时，要结合浇水，使之尽量与土壤混匀。
目前，我国磁化肥还缺乏统一的标准，对肥料“剩磁”的测定也很不规范，因此应特别注意产品说明书中的施用要求。
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