目前我国生物有机肥产业正在处于快速发展时期，产品数量在快速增加，当然也存在着一定的问题。目前生物有机复合肥料使用中存在的问题，主要有三个方面：
生物有机复合肥料，采用有机肥料与无机肥料相配合，并伴有多种微生物或高能化合物的的面巿，很受农民欢迎，效应比较明显：
一是能改良土壤理化性状，增强保水、保肥性能，提高持续供肥能力。
二是能显著抑制棉花、瓜类的枯萎病和水稻纹枯病等病害，增强抗逆能力。
三是能改进农作物的品质，特别是对提高西瓜、甘蔗、草莓等水果的甜度十分明显。
四是能促进农作物增产，一般施用生物有机复合肥的比单一施用化肥的增产10％左右。
五是能减轻农业环境的污染，可大量生产无公害的食品。
虽然生物有机复合肥料有很多显著的优势，但在巿场占有的份额还比较有限，各地运用情况也存在很大的差异。
主要原因，有的地方反映销售价格偏高，农民难以承受。有的反映肥效启动较慢，作物显性效应较弱。有些采用塑料大棚种菜的农户反映有烧苗的现象。为什么会出现这些问题
一是选用生产肥料的原材料价格过高，销售的中间环节过多，层层加价。
二是单一施用生物有机复合肥，忽视了其它肥料的作用，或是施用量过低。
三是施肥时土壤墒情不足，或者是当时气温太低。
四是一次施用量过大。对此，为了充分发挥生物有机复合肥料的肥效，应该采用增产节支、正确引导、科学使用的方法加速推广运用。
1、要降低生产成本
一是就地采用有机原料，不要远距离调运，增加成本。二是减少销售中间环节，生产与销售近距离对接。三是搞好售后服务，组织科技下乡，使肥料快速发挥肥效。
2、要足墒适温施用
无论在何种土壤上施用，都要有充足的墒情促其迅速分解转化。气温在l0摄氏度—30摄氏度的范围内肥效较好，当气温低于l0摄氏度或高于35摄氏度时，肥料转化、吸收就会产生障碍。
3、要配套正确施用
一是为了使肥料体现长效与速效的持续效应，凡是施用生物有机复合肥的大田，每亩要配施碳铵30千克左右，然后再根据不同作物需要配施其它营养元素，不能用生物有机复合肥取代其它肥料。
二是作基肥施用，每亩用量不超过50千克。特别是塑料大棚种菜的更不能超量施用。
三是土壤墒情不足时，施用后要及时抗旱调墒。
