微生物菌肥是一种在有机肥的基础上增添了各种有益微生物的肥料，利用好菌肥，需要把握好菌肥使用的两大基本原则，掌握好菌肥的作用与使用方法。
1、提高肥料利用率：菌肥能分解土壤中被固定的磷、钾元素，并把它们释放出来，供作物吸收利用。
2、改良土壤：菌肥施入土壤中后，不但补充了大量的有机质，从根本上改善了土壤及根系周边的生态结构。
3、调节植株生长：菌肥在土壤中会产生一些代谢产物，能刺激作物体内产生大量的赤霉酸、生长素、细胞分裂素等植物生长调节剂，调节作物的生长发育。
提供必要生长条件，包括营养、水分、温度、酸碱度等。保持一定的有益菌种群优势。
最大限度的让微生物在有用的位置（根系周围）、恰当的时间产生积极作用。（早用早好、多次使用）
1、底肥追肥：每亩地使用1-2kg的微生物菌肥，和农家肥、化肥混合均匀后撒施或沟施、穴施。
2、果树施肥：如果是幼树，采用环状沟施，每棵树施加200g左右；如果是成年树，采用放射状沟施，每棵树施加0.5-1kg左右。
3、蘸根灌根：每亩地使用1-2kg的微生物菌肥兑水稀释3-4倍，在移栽的时候进行蘸根，或者是在移栽后其他的时期进行灌根。
4、拌苗床土：每平方米的苗床土使用200-300g的微生物菌肥，混合均匀后播种。
5、花卉种植：每kg的盆土使用10-15g的微生物菌肥作为追肥或者是底肥。
6、冲施：每亩地使用1-2kg的微生物菌肥与化肥混合后，兑水稀释冲施。
1、见效快的就是好菌肥：菌肥的好坏跟许多因素有关，不能用见效快慢来判断，要看最终的土壤作物情况。
2、肥料含菌的种类越多越好：其实最重要的是施入后的生物菌的存活量，而不是包装上标注的菌的含量。
3、一次使用可以持续一年或多年：环境的改变会导致微生物菌的含量，应该多用几次，让土壤中的有益菌维持比较高的水平，效果才回明显。
4、菌肥可以替代化肥，其实这是不可能的。
